Karlsøys grense mot Tromsø ligger mindre enn tre kvarters kjøretur fra flyplassen i Tromsø. Til kommunesenteret Hansnes tar det en time å kjøre. Bussforbindelsene både mot Tromsø og internt i kommunen er ikke veldig omfattende.
Her finner du bussrutene som gjelder fra 22.august 2016. Rute 430 er Tromsø - Hansnes - Tromsø. 435 til Dåfjord, Skogsfjord og Rebbenesøy. 440 Vannøya og 445 Reinøya.

Ringvassøya, der kommunesenteret ligger, har fastlandsforbindelse gjennom Kvalsundtunnellen. Til de andre bebodde øyene er det ferger.
Fergerutene finner du her. Og da er det rutene Hansnes - Karlsøy - Vannøy, Hansnes - Reinøy og Mikkelvik - Bromnes som gjelder her.